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WindowsサーバーHacks―管理者必携のテクニック&WSHスクリプト100選

WSHクイックリファレンス 第2版

実践Active Directory逆引きリファレンス (Windowsサーバ構築ガイドシリーズ)

DNS&BIND(第4版)

Windows Server 2003 Technology Active Directory 障害対策ガイド

GUI以外の管理方法を知りたい方に　　（2006-12-07）
この本の良いところは様々な設定をGUIでやる方法だけでなく、コマンドライン・スクリプトでやる方法を紹介しているところです（「このレジストリに書けばいい」という類の無理矢理なものも多々ありますが）。
また、各設定に対する解説や、ADSI・WMIとはなんぞやという説明もしっかりしています。

個人的にはファイルの権限設定周りも扱ってほしかったなと思います。